在水利工程全线推进的同时，全省水利体制机制改革也取得了突破性进展。
水资源管理体制改革有明显进展。目前全省已有10个县(市、区) 成立了水务局，分别是舟山市的岱山县和金华市的金东区、婺城区、永康市、武义县、浦江市、义乌市、兰溪市、东阳市、磐安县。
水利工程建设和管理体制改革有突破。出台了《关于浙江省水利工程管理体制改革实施办法》、《浙江省水利工程管理体制改革验收办法》等政策文件，列入改革任务的216个大中型水管单位基本完成改革任务。
编制完成《浙江省加快水利改革试点方案》，即将开展全高转闸小型水利工程管理体制改革，兰溪农防加固工程、舟山金塘围垦工程等水利建设尝试实行了代建管理模式。
农民用水户协会和村级水务员建设有新进展。探索成立了以水利区域为单元的水利会、水利管理协会及村民用水协会，以小型水利工程共同受益范围为单位的灌区、圩区管委会等，较好保障了小型水利设施运行的管护。
水价改革工作力度不断加大，部分城市实行了“分类水价”、“阶梯式水价”和“超计划(定额)累进加价”等，对促进节约用水、减少水污染、保护水资源起到了积极作用。
建立了防汛行政首长负责制，按照分级管理的原则，省防指公布了大中型水库、重要堤防海塘和主要蓄滞洪区的防汛责任人;各市、县(市、区)防指公布了本辖区内的水库、主要堤防海塘、蓄滞洪区等工程设施和山洪灾害预警等防汛责任人。水利、国土、民政、海洋与渔业、交通运输等部门和各重点项目建设单位也公布相关防汛安全管理责任人，落实责任并接受社会监督。杭州、嘉兴、湖州、金华、丽水等市政府与所辖县(市、区)政府，县(市、区)政府与乡(镇)政府、街道办事处层层签订防汛抗旱目标责任书，并纳入政府工作全高转闸目标考核内容。
此外，我省还建立了农村饮水安全行政首长负责制，建立和完善了水资源管理考核责任制，从根本上使浙江治水之患、兴水之利的举措一步步落到实处。
展望2012
开局之年迈新步，来年任重而道远。
2012年，我省水利将以提高水利服务经济社会发展及民生改善的支撑和保障能力为主线，围绕平安水利、民生水利、资源水利、生态水利和科技水利五个目标，扎扎实实推进“强塘”工程、农田水利标准化建设、水资源保护和安全供水、水生态环境改善，实施最严格的水资源管理制度，加快水利重点领域和关键环节改革攻坚，进一步推进我省水利改革和发展。
进一步做好防汛防台抗旱工作。抓住今冬明春有利时机，抓紧修复水毁水利工程和水文等设施，提前落实防汛防台抗旱组织、预案、队伍和物资等方面工作;进一步健全基层防汛防台组织责任、应急预案、监测预警、安全避险和抢险救援等体系的动态管理全高转闸制度;全面完成山洪灾害防治县级非工程措施建设;加强洪涝台旱灾害风险管理，完善预案和监测预警体系，进一步健全各级防指办机构，建立防汛防台抗旱督察制度。
扎实推进重点民生水利工程。深入实施强塘工程，如期完成 2010—2012年“强塘”责任书项目，全年完成加固项目200座以上;着力推进水资源保障百亿工程，加快舟山大陆引水三期、台州朱溪水库等前期工作;加快中小河流治理，完成列入2013~2015年全国中小河流治理实施方案的60个项目审批工作;着力推进水生态环境改善，太湖流域水环境综合治理五项重点水利工程全部完成国家发改委批复可研报告;继续推进老电站更新改造，进一步加强农村水电安全监管。
突出抓好农田水利标准化建设。以发展高标准旱涝保收农田和高效节水灌溉为核心，以服务农业“两区”建设为重点，以全高转闸小型农田水利重点县、大中型灌区节水配套改造、百万亩喷微灌、低洼易涝区综合整治工程和农村饮水安全提升工程为抓手，加快推进农村水利基础设施建设。
发动全社会力量，多层次、多渠道筹集水利资金150亿元。全省新增旱涝保收面积52万亩、扩大灌溉面积50万亩、新增固定式喷微灌面积18万亩、新增节水灌溉面积70万亩，完成渠道衬砌改造及相应渠系建筑物配套5000公里、圩区整治面积41万亩。
落实最严格水资源管理制度。以推进节水型社会建设为主线，以加快确立水资源开发利用总量控制、用水效率控制、水功能区限制纳污控制“三条红线”和水资源管理责任考核制为核心，进一步优化水资源配置，提高用水效率和效益。